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Bioinformatics

Bioinformatics tool | EMBOSS Seqret (Sequence Format Conversion), abi파일을 fastq와 fasta로, fastq파일을 fasta로 변환하기

Chloe A_Choe 2020. 2. 5. 17:18

EMBOSS 프로그램은 sequence analysis를 위한 다양한 툴을 제공하고있습니다. 그중에서 Sequence Format Conversion기능의 seqret으로 fastq 파일을 fasta로 변환하는 방법에 대해 소개하려합니다.

 

우선 EMBOSS 프로그램이 없으면 아래 링크를 통해 다운로드를 받아주세요. 다운로드 후에는 압축을 풀면 특별한 설치 과정없이 바로 사용이 가능합니다.

 

EMBOSS Downloads

EMBOSS Downloads Contents The EMBOSS package is available from our new FTP server ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/ in the file EMBOSS-6.5.7.tar.gz This distribution is built from our CVS master copy and put on the FTP site if all compilation and other

emboss.sourceforge.net

제가 가장 많이 사용하는 fastq파일의 fasta 변환, abi 파일의 fasta/fastq 변환 명령어를 아래에 적어두었으니 활용하시길 바랍니다.

# fastq to fasta
seqret -auto -stdout -sformat fastq -sequence <input.fastq> -osformat fasta -outseq <output.fasta> 

# abi to fastq
seqret -auto -stdout -sformat abi   -sequence <input.abi>   -osformat fastq -outseq <output.fastq> 

# abi to fasta
seqret -auto -stdout -sformat abi   -sequence <input.abi>   -osformat fasta -outseq <output.fasta>

 

더 자세한 정보는 이곳에서 확인해주세요.

http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/seqret.html

 

EMBOSS: seqret

ID X65923; SV 1; linear; mRNA; STD; HUM; 518 BP. XX AC X65923; XX DT 13-MAY-1992 (Rel. 31, Created) DT 18-APR-2005 (Rel. 83, Last updated, Version 11) XX DE H.sapiens fau mRNA XX KW fau gene. XX OS Homo sapiens (human) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Cran

emboss.sourceforge.net

 

 

EMBOSS의 Seqret은 온라인으로도 이용 가능하니 필요에 따라 편리하게 이용하세요.

 

EMBOSS Seqret < Sequence Format Conversion < EMBL-EBI

EMBOSS Seqret reads and writes (returns) sequences. It is useful for a variety of tasks, including extracting sequences from databases, displaying sequences, reformatting sequences, producing the reverse complement of a sequence, extracting fragments of a

www.ebi.ac.uk

 

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