Bioinformatics tool | CVTree3를 이용한 phylogenetic tree, Composition Vector Tree

CVTree3(Composition Vector Tree)웹 프로그램을 이용한 Phylogenetic tree분석에 대해서 이야기해보려합니다.

 

CVTree 3.0

해당 프로그램은 두가지 타입의 인풋 파일을 받습니다. 하나는 각각의 스트레인에 해당하는 모든 Coding DNA sequence 다른 하나는 각각의 스트레인에 해당하는 모든 Protein sequence 입니다. 

원하는 K-tuple length를 설정해줄 수 있고, 본프로그램에 Built-In Genome 을 선택해서 볼 수 있습니다. 더 자세한 설정을 하고 싶으면 우측의 Select Details 에서 확인 할 수 있습니다. 직접 입력한 스트레인의 정보만 볼 생각이라면 모두 선택 해제를 하면 됩니다. 인풋 파일은 파일 선택 버튼을 통해 multiple upload가 가능하니 파일을 모두 선택하고 Upload 버튼을 눌러주어 정상적으로 업로드가 된것을 확인해주시면 됩니다. 모든 준비가 끝나면 우측 상단의 All parameters are fine, Run Project 버튼을 눌러줍니다. 그러면 프로젝트 번호가 부여가 되고, 이메일을 적어두었다면 본 메일로 결과를 확인 할 수 있는 링크와 결과를 다운받을 수 있는 링크 두개가 발송 됩니다. 다만 이 과정에서 시간이 다소 걸릴 수 있습니다. 홈페이지를 통해 자세한 결과를 확인해보시고, 시간이 된다면 K-tuple length와, Built-In Genome값을 변경해가며 결과값을 확인해보세요. Phylogenetic tree는 다운로드 받은 결과 파일 내의 Tree.nwk 파일을 이용하면 간편하고, MEGA프로그램에서 결과를 보기 좋게 조정을 한 후 이미지로 저장을 하는 과정이 간편합니다.